Le sue origini non hanno precise notizie.
Alcuni insinuano che sia stata fondata dall'Imperatore Giulio Cesare, subito dopo aver distrutto il castello edificato dal console Cajo Mario d'Arpino, vicino dove ora è ubicata Polignano a Mare; altri, invece, affermano che sia stata fondata proprio dal console Mario e in seguito alla distruzione della stessa da parte di Giulio Cesare, si sarebbe fatto costruire una torre, chiamata Turris Caesaris, attorno alla quale in seguito i greci avrebbero edificato la città chiamata Polignano a Mare.
Di questo parere è anche l'insegnante Pompeo Sarnelli di Polignano, il quale, nello "Specchio del Clero Secolare" scrive:
"Cajo Mario D'Arpino intraprese il mestiere delle armi. Per il suo valore passò per tutte le dignità inferiori della milizia e fu mandato nella Numidia come ambasciatore a Metello, che accusò di negligenza il Senato.............Fu creato console........I Romani occuparono le Alpi dopo aver fatto strage dei nemici. Mario lascio Catulo a difesa delle Alpi e tornò a Roma, dove gli si apparecchiava il trionfo. Alla notizia che Catulo aveva abbandonato le Alpi pel freddo, ma più per i nemici, Mario ricusò il trionfo e con un potente armata navigò il Tirreno e lo Jonio ed entro nel procelloso Adriatico. In questo mare travagliato dalla tempesta cercò un posto sicuro per ristonare le navi e ricreare i soldati. Sbarco al porto che da lui ebbe il nome di "Mariano". Si diletto del luogo e volle edificare un castello.....e con l'augurio di un falcone pervenne al luogo ove oggi è Polignano e vi fece edificare un castello.....Quando sorsero le guerre civili in Roma fra Cesare e Pompeo, costui uscì da Roma e occupò tutti i castelli della riviera vicino a Brindisi. Cesare mosse contro Pompeo distruggendo tutti i castelli che opponevano resistenza. Fra questi fu Polignano. Pompeo fuggi in Epiro, mentre Cesare, presa Brindisi, pensò a fortificare la riviera per evitare un improvviso arrivo di Pompeo.....In Polignano Cesare edificò una torre detta "Torre di Cesare", con l'occasione della quale si eressero di nuovo le mura della città".
La storia e gli studi ci diranno che ciò appena letto del Sarnelli, non corrisponde al vero. Prima di tutto Cajo Mario pare non sia mai venuto dalle parti di Polignano ed il nome di "Porto Mariano", sarebbe da attribuire ad altro. Circa la "Turris Caesaris" sita in Polignano, una casa antica in via Gelso, non darebbe alcuna giustificazione nel ritenere che tale Torre di Cesare, come affermava il Sarnelli, era stata costruita dove ora è Polignano e che attorno a tale torre i greci abbiano costruito la città. Gli studiosi ci diranno in seguito che Polignano sia sorta come una nuova città su un centro già esistente, su inziativa del tiranno di Siracusa, Dionigi, per rendere sicura la navigazione verso il Mar Ionio.
La discordanza di base, non vi è sono nelle origini di Polignano ma anche sul nome. Alcuni affermano che sarebbe derivato dalla dea Polymnia, con riferimento a Cesare fondatore della città; secondo altri invece, sarebbe derivato da Neapolis, affermando che in antichità ci fosse stata l'esistenza di una colonia marittima di Pedicoli chiamata Neapolis nel luogo dove ora sorge Polignano.
Altri, invece, farebbero derivare il nome da se stesso, che si vuole significhi "Luogo eminemte", ovvero città edificata in alto, come effetti è Polignano.
Secondo Pompeo Sarnelli, il nome sarebbe stato dato dallo stesso fondatore, che come abbiamo vistoin precendenza, secondo il Sarnelli era Cajo Mario, e non significherebbe città "edificata in alto" ma di "molta memoria". Sempre nello "Specchio Secolare", il Sarnelli scrive:"Caio Mario per dare il nome al castello che aveva fatto edificare.....chiese aiuto ai due poeti Lucio Plosio e Aulo Licino Archia.......che gli consigliarono di dare al castello ilnome di Polymniano, della dea Polymnia. Mario, poichè il nome Polymnia significava di molta memoria, accondiscese, quasi volesse con quello lasciare memoria di sè."
Quello che è successo in tempi molto lontani non cì è dato conoscere con certezza, le leggende i pareri le opinioni, ondeggiano nelle menti e negli scritti di poeti e pensatori.
Di certo abbiamo un documento ufficiale del 5 agosto del 1862, dove alla presenza dei consiglieri PASCALI DONATO, MALLARDI ANTONIO, GIULIANI VITO GENNARO, PEDOTE BATTISTA, MONTANARO VITO GIUSEPPE, D'APRILE GENNARO, CHILLINO COSIMO, CHIANTERA FRANCESCO, TARANTINI GIUSEPPE, ARDITO ANTONIO, SIMONE LEONARDO e LOCOSELLI FABIO, sotto la Presidenza del Sindaco GIULIANI BARTOLOMEO, il Consiglio Comunale di Polignano delibera ".....che ove non vi fossero nel Regno d'Italia altri Comuni portanti la medesima denominazione, siti in riva al mare, potrebbe ben adattarsi il nome di Polignano a Mare quando il Ministero altrimenti non opini". Succesivamente con R.D. dato a Torino il 4 gennaio 1863 e firmato da Vittorio Emanuele II, il comune di Polignano fu autorizzato ad assumere la denominazione di "POLIGNANO A MARE".
E noi omaggimo questa bellissima cittadina con il suo vero nome, senza abbreviazioni di sorta, perchè così deciso e così scritto.